La scelta è motivata dal desiderio di lavorare farine che conservino tutte le parti del chicco ottenute con un unico passaggio. Si ottiene una farina dalla granulometria irregolare, con un maggior quantitativo di crusca (che dà una colorazione più scura) ed una totale conservazione del germe (embrione).
La conservazione del germe è l’aspetto basilare ed imprescindibile della molitura a pietra naturale, poiché esso racchiude sia la parte più “nobile” del chicco, costituita da sostanze antiossidanti, quali carotenoidi (soprattutto zeaxantine e luteina), vitamine liposolubili (in particolare la E), polifenoli, flavonoidi, betaina e beta-glucani, che la parte più “saporita”, composta dagli olii essenziali. La completa miscelatura dell’amido con gli oli essenziali contenuti nel germe danno alla farina un profumo ed un aroma più ricco e corposo. Le macine devono, però, lavorare a basso regime di giri per non surriscaldare la farina e comprometterne le qualità. La macinazione a pietra deve, comunque, prevedere preventivamente pulizia ed analisi del grano.
La sicurezza alimentare dovrebbe essere garantita, in modo efficace, ancor prima della macinazione, attraverso analisi sulle qualità igienico sanitarie della materia prima e con un accurato processo di pulitura capace di eliminare non solo terra e corpi estranei ma anche chicchi spezzati e malati.
Con la molitura a cilindri e con più passaggi si ottengono separatamente le varie componenti della farina che poi vengono riassemblate secondo determinati criteri (soprattutto commerciali). Teoricamente è, quindi, possibile ottenere con la molitura a cilindri una farina completa di tutte le componenti del chicco così come quella ottenuta con la macinazione a pietra.
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